上海市肿瘤研究所（以下简称"肿瘤所"）成立于1958年，属上海市卫生局领导的独立研究机构。1980年经世界卫生组织（WHO）确认为世界卫生组织癌症预防与控制合作中心。1985年经国家计委批准建立癌基因及相关基因国家重点实验室。1996年由国家科委与上海市科委共建基因治疗研究中试上海基地。2003年经教育部批准，由上海市卫生局与上海交通大学共建上海交通大学肿瘤研究所。2010年10月29日，上海市卫生局与上海交通大学医学院共建肿瘤所、仁济医院与肿瘤所院所合一。

    肿瘤所的科研运行机制是课题组长负责制，现有癌基因与相关基因国家重点实验室、肿瘤流行病学研究室，肿瘤功能基因研究组、肿瘤分子病理研究组、肿瘤微环境研究组、肿瘤表观遗传学研究组、肿瘤生物治疗研究组、肿瘤免疫调节研究组、肿瘤分子病毒学研究组、实验室病理研究组、肿瘤干细胞研究组、肿瘤靶向治疗研究组、神经递质与肿瘤微环境研究组、激素与肿瘤研究组十二课题组以及公共服务平台与《肿瘤》编辑部。截止2012年底，共有职工130人，其中科技人员105人，行政管理人员25人。有中国工程院院士3人、终身教授1人。具有高级专业技术职称者24人、中级职称70人、初级职称27人。具有研究生以上学历71人，占全所员工的54.6%（其中博士45人、硕士26人）。肿瘤所获国家和上海市各级人才计划共18人次，包括国家杰出青年、国家新世纪百千万人才工程、教育部新世纪人才计划、上海市领军人才、上
      （顾健人、杨胜利、王红阳三位院士商讨工作） 
海市优秀学科带头人、上海市曙光学者等。现有上海交通大学医学院研究生导师16人（博导10人、硕导6人），招生专业为肿瘤学、生物化学与分子生物学；有复旦大学研究生导师4人（博导2人、硕导3人），招生专业为病原生物学、流行病学与卫生统计学。

    肿瘤所研究方向为开展恶性肿瘤的流行病学与病因学研究，肿瘤发病机理及基因诊断和基因治疗、细胞及免疫学诊断和治疗等生物高科技研究，探索肿瘤防治的新途径。癌基因与相关基因国家重点实验室研究方向为以肝癌为主要研究对象，研究癌基因、抑癌基因及其它调控细胞生长的基因群，以系统生物学理念与方法研究癌发生发展和转移的分子机理及诊断、防治癌症的新途径。已建成非编码小RNA、肿瘤干细胞、肿瘤微环境研究、肿瘤靶向生物治疗、肿瘤分子病理、肿瘤免疫调节等研究技术平台及实验动物研究平台，拥有质谱分析仪、激光共聚焦显微镜、小动物活体成像仪、小动物SPECT等众多先进的科研设备，向所内和有关单位提供相关的实验技术和条件，并提供实验动物。

（所长孔宪明）      

    近五年来，肿瘤所共承担各类项目124项，总经费8981.55万元，其中国家级项目经费7780.50万元（占86.6%）。发表科研论文248篇，其中SCI论文135篇，多篇论文被Lancet Oncology（IF 22.589）、Nat Cell Biol（IF 19.527）、J Natl Cancer Inst（IF 13.757）、Hepatology（IF 10.885）等国际高水平期刊收录。荣获各类科技奖励，包括教育部高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学奖）二等奖1项、上海市科技进步二等奖3项、三等奖2项等。获授权国内发明专利16项、国际发明专利4项。